JPo bitvě u Endoru se Impérium nacházelo ve stavu totálního chaosu. Nejednoznačnost velení a nejasné nástupnictví brzy vyústily v prudké boje o moc, kterým padlo za oběť mnoho schopných imperiálních představitelů (v tomto období rovněž zahynuli všichni imperiální velkoadmirálové, až na dvě výjimky). Rádoby-císaři se na imperiálním trůnu střídali s frekvencí coruscantského počasí, mnoho imperiálních správců převzalo přímou kontrolu nad jim svěřenými sektory a postupně se od Impéria odtrhávali – vznikaly tak enklávy, k nimž patřilo například Pentastarské seskupení, jemuž vládl velkomoff Ardus Kaine, či Ciutrická hegemonie pod velením prince-admirála Krennela. V pozadí toho všeho svou hru rozehrála Imperiální zpravodajská služba, která se vymkla veškeré kontrole a začala sledovat svou vlastní agendu. Z tohoto chaosu pak těžila především Povstalecká aliance, která získávala jeden systém za druhým a postupně nabývala na síle. Přesto si Impérium v tomto období zachovalo svou někdejší slávu a dařilo se mu udržet si pevnou pozici zejména ve Světech jádra, třebaže postupně ztrácelo půdu pod nohama.
Prakticky ihned po smrti císaře se vlády chopil velkovezír Sate Pestage, jeden z nejbližších poradců císaře Palpatina. Narozdíl od císaře však Pestageova vláda nebyla absolutní – o moc se musel dělit s Imperiální radou, sestávající z nejvýše postavených imperiálních představitelů, kteří sami často usilovali o post nejvyšší. Sám Pestage nebyl příliš schopným vládcem a za dobu jeho působení Impérium ztratilo velkou část území, jež přešlo do rukou buď Povstalecké aliance nebo některému ze samozvaných válečných lordů, kteří se v této epoše objevovali jako houby po dešti. Tyto neúspěchy nakonec vedly k obvinění Pestage z velezrady. Pestage se pokusil uprchnout a dokonce požádal o pomoc i povstalce, nicméně nakonec byl za přičinění imperiální rozvědky dostižen a zabit.
Po Pestageovi převzala žezlo Imperiální rada, jíž předsedal generál Paltr Carvin. Tato vláda však měla pouze krátké trvání – generál Carvin a nejvyšší radní byli brzy odstraněni a faktické moci se chopila Zpravodajská služba – přesněji řečeno její ředitelka Ysanne Isard.
Ysanne Isard byla dcerou ředitele bývalé Republikové a později Imperiální zpravodajské služby Armanda Isarda – údajně se sama přičinila o to, že její otec byl obviněn z velezrady a popraven – po kterém také úřad převzala. Traduje se, že dokonce byla milenkou samotného Palpatina.
Isard proslula u imperiálního dvora velkou schopností pro intriky a neobvyklou krutostí, díky čemuž se stala jednou z nejnebezpečnějších a nejobávanějších představitelek Impéria. Tyto vlastnosti se odrazily i v jejím způsobu vlády a v zostření represí. Bohužel v době, kdy se chopila moci, bylo Impérium již oslabeno natolik, že se Isard ani při největší možné snaze nedařilo udržet pozice. To, a zejména její dlouholetá praxe v rozvědce, ji nakonec přimělo uchýlit se ke lsti – rozhodla se přenechat povstalcům Coruscant, který předtím nechala zaplavit smrtícím Krytoským virem, jenž dosti drsným způsobem likvidoval ne-lidské Bytosti. Isard počítala s tím, že povstalci roznesou tuto chorobu po celé galaxii a zničí tak sami sebe. Tak došlo k dobytí Coruscantu Povstaleckou aliancí a krytoská past sklapla. Povstalcům se však podařilo přes značné obtíže tuto krizi (tzv. Bactová krize) překonat, a tak konečným důsledkem pro Impérium byla další ztráta velice důležitého území. Isard se poté, co opustila Coruscant, pokoušela celou věc řídit z povzdálí, avšak o její vedoucí úloze v Impériu od okamžiku pádu Coruscantu už nemůže být řeči.
Ztráta Coruscantu byla pro Impérium stejně katastrofální jako před třemi lety smrt císaře. Centralisticky založené Impérium ztratilo své sídlo, a třebaže mělo ve Světech jádra stále silné postavení díky loajálním světům jako Kuat, tato ztráta značně podlomila imperiální morálku a způsobila další úpadek moci. Dobytím Coruscantu a vznikem Nové republiky tak zároveň končí krátká éra post-endorovského Impéria.
